Ten eerste zijn, hoewel beide typen waterzuiveraars wateronzuiverheden kunnen zuiveren, hun zuiveringsprincipes niet hetzelfde. De RO-waterzuiveraar met omgekeerde osmose is aan de binnenkant uitgerust met een RO-omgekeerde osmosemembraan. Onder invloed van druk kan water door het RO-membraan stromen, terwijl onzuiverheden zoals anorganische zouten, zware metaalionen, bacteriën en virussen worden geblokkeerd door het omgekeerde osmosemembraan.

Ultrafiltratie-waterzuiveraars zuiveren de waterbron via hun interne ultrafiltratiemembraan. Onder druk van het drukverschil kan de waterbron door deze membraanlaag gaan en onzuiverheden eruit filteren.

De twee soorten waterzuiveraars, die verschillende zuiveringsmethoden gebruiken, hebben afhankelijk van hun principes bepaalde verschillen in zuiveringsprecisie. De RO-waterzuiveraar met omgekeerde osmose heeft een RO-membraan aan de binnenkant en de poriën van dit membraan zijn zo klein als op nanometerniveau. Zelfs kleine virussen en bacteriën zijn duizenden keren groter dan de poriën van het RO-membraan. Daarom bevat het water dat door het RO-membraan gaat in principe alleen water en geen andere elementen, en kan het gefilterde water direct worden gedronken of gekookt.

De ultrafiltratie-waterzuiveraar heeft een ultrafiltratiemembraan aan de binnenkant en het precisiebereik van de poriegrootte van dit filtermembraan is 0,01 ~ 0,001 μm, wat een orde van grootte groter is dan die van de RO-waterzuiveraar met omgekeerde osmose. Tegelijkertijd laat het ultrafiltratiemembraan niet alleen water door, maar laat het ook enkele kleine moleculaire stoffen met kleinere volumes door, zoals sommige minerale elementen.